在熊本看病，很多诊所和医院不会当场把药交给你，而是开一张处方单（日本写作"処方箋"）,让你自己拿去外面的调剂药房取药。这种医院和药房分开的做法叫"医药分业"，是厚生劳动省推行的制度：医生专心看病开方，药剂师专门负责配药、核对用量和药物之间是否冲突，更安全。
处方单不是一直有效的。根据厚生劳动省的规定，处方单的使用期限原则上是从开出当天算起4天以内（包含周末、节假日），除非医生在处方单上特别注明了延长期限的理由。超过期限，药房可能无法再凭这张处方单配药，需要回医院重新开一次，不但多花时间，还可能要再付一次诊察费。所以拿到处方单后，最好当天或尽快去取药。
处方单可以拿到任何一家有调剂资格的药房配药，不一定要去医院旁边那家。如果经常固定去同一家药房（也叫"かかりつけ药房"），药剂师会用"お药手帐"（用药手册）记录你吃过的药、过敏史和副作用，方便发现重复用药或药物冲突，以后换医院看病，带着这本手册给新医生看也更方便。
药房配药的费用和医院看病一样，按健康保险比例自付：
去药房拿药时也要带健康保险证，没带的话可能要先全额垫付，之后再去申请退还多付的部分。
不是所有调剂药房周末节假日都营业。熊本市内的"休日当番药房"（节假日轮值药房）名单可以在熊本市药剂师会的官网上查到，会列出哪天哪家药房开门、开到几点。建议出发前先打电话确认一下，避免白跑一趟。
部分药房备有多语言的用药说明和问诊表，可以主动问药剂师有没有中文或英文的资料。如果实在说不清楚症状或过敏史，可以把药名、症状打在手机翻译软件上给药剂师看，或者提前准备好既往病历、以前吃过的药的照片。
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